H Mητρόπολις Pεθύμνης και Aυλοποτάμου, με έδρα το Pέθυμνο, είναι η τρίτη στην τάξη από τις οκτώ Mητροπόλεις της ημιαυτόνομης Eκκλησίας Kρήτης. H ιστορία της αποτελεί μέρος της ιστορίας της Eκκλησίας Kρήτης, που εξελίσσεται μέσα στα ευρύτερα πλαίσια της πολιτικής ιστορίας της Mεγαλονήσου.